Nella seduta del 27 maggio la Conferenza delle Regioni ha definito anche il quadro delle Commissioni della Conferenza delle Regioni e delle Province autonome:

I Commissione - Affari Costituzionali e generali: Coordinamento della Regione Lazio, Coordinamento vicario della Regione Emilia-Romagna; nell'ambito di questa Commissione è delegata la Regione Sardegna come responsabile per il settore "Regioni ad Autonomia differenziata" e la Regione Valle d'Aosta come responsabile per la materia "Politica della montagna".

II Commissione - Affari finanziari: Coordinamento della Regione Lombardia, Coordinamento vicario della Regione Liguria.

III Commissione - Affari comunitari e internazionali: Coordinamento della Regione Siciliana e Coordinamento vicario della Regione Sardegna.

IV Commissione - Infrastrutture e Mobilità: Coordinamento della Regione Campania, Coordinamento vicario della Regione Basilicata.

V Commissione - Ambiente e Energia: Coordinamento della Regione Piemonte, Coordinamento vicario della Regione Valle d'Aosta.

VI Commissione - Beni e Attività culturali: Coordinamento della Regione Calabria, Coordinamento vicario della Regione Abruzzo.

VII Commissione - Salute: Coordinamento della Regione Veneto, Coordinamento vicario della Regione Umbria.

VIII Commissione - Politiche sociali: Coordinamento della Regione Liguria, Coordinamento vicario della Regione Abruzzo.

IX Commissione - Istruzione e Lavoro: Coordinamento della Regione Toscana, Coordinamento vicario della Regione Lombardia.

X Commissione - Politiche agricole: Coordinamento della Regione Puglia, Coordinamento vicario della Provincia Autonoma di Bolzano.

XI Commissione - Attività produttive: Coordinamento della Regione Marche, Coordinamento vicario della Regione Lazio.

E' stata poi istituita la Commissione speciale per la Protezione civile il cui Coordinamento è affidato a rotazione annuale alla Regione Friuli Venezia Giulia e alla Provincia Autonoma di Trento: per il primo anno il Coordinamento è affidato alla Regione Friuli Venezia Giulia e il Coordinamento vicario alla Provincia Autonoma di Trento.

Confermata la Commissione speciale "Attività di cooperazione e iniziative per il dialogo e la pace in Medio Oriente", coordinata dalla Regione Umbria.